聚焦长江口邻近海域多种生态灾害和问题，构建有害藻华微藻库（2001起），开展长江口与象山港（2006起）、长江大通等3条重要断面周期性观测，以及嵊山生态浮标（2009年起）剖面连续观测，2019年后增加东瓯平台、四个岸基水文气象站（嵊山、吕四、象山港和洞头）观测，2020年起增加象山港等近海地波雷达观测。
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